淮安闻思寺，原来有个名字叫大悲寺，或称大悲庵、大悲院，《淮城信今录》卷9“香火志”还说它“俗呼斋僧馆”，在淮城西北河下湖嘴北边。《天啟淮安府志》卷3“公署”说：“大悲寺，洪武十五（1382）年建，正德九年（15014）改名大悲寺。”正德九年方改名大悲寺，那么在这之前叫什么，未见文献记载。《正德淮安府志》卷11“寺观”说，该寺是宋代始建的。又有网友云“始于唐末”，不知何据。《正德府志》还记载了元代及正德四年以前的维修情况：“大悲寺，在治西街北。宋嘉祐三年（1058）创建，元至正间（1341—1368）毁。洪武十五年，僧德暇重修。二十四年（1391），有石佛寺、安和寺、国清寺、圣福、法宁寺、嘉祐院，归并于此为丛林。正德四年（1509）重修。”又说，当时山阳县的佛教管理机构僧正司就设这里。这几个归并为丛林的寺院，敝人孤陋寡闻，过去闻所未闻。
有网友说，闻思寺“原名通源寺”。错了。《天启淮安府志》卷23云：“通源寺，治西十里窑沟。即古大悲庵，创于宋，至国朝，吏科都谏胡应嘉延僧圆慧鼎建。万历五年，知府邵元哲改通源寺。……寺在何氏烈女祠东。”由此可知，明代有两大悲寺，其一在河下，其一在“治西十里”窑沟。在窰沟者于明万历间改名通源寺，在河下者至康熙间始改名闻思寺。仅因曾同名大悲寺，因而将两者混淆起来。又，《天启府志》说通源寺“创于宋”，而《乾隆府志》卷26“坛庙•寺观”则改曰“创自唐时”。有些网友说闻思寺创于唐，大概犯了与以上同样的错误，把彼大悲寺当作此大悲寺了。古代同一地方同名寺院往往有之，研究历史是要注意的。
《乾隆淮安府志•寺观》记载，创建此大悲寺的僧人叫兰盂。这个名字仅一见于《乾隆府志》，余志皆无。《淮关统志》有，因为它是从《乾隆府志》中抄过去的，文字与《乾隆府志》一样。从“创建”二字看，兰盂似即宋代人，是该寺的创始人，然事迹无考。
今名闻思寺是康熙所赐。《乾隆府志•寺观》云：“康熙四十四年（1705），圣祖南巡，僧宏范恭迎，勅改今额。”此事在《圣祖五幸江南全录》中有记载：康熙四十四年闰四月，康熙第五次南巡回銮过淮安，初九日，又从淮安漕运总督署出来“开船北上，有漕标三营官兵摆队跪送。御舟行至湖心寺，有僧人乘小舟叩接求匾。上命近侍李望寺内观看，复命，即发御箭一枝，令僧人持赴河口伺候给匾。”文中只有“僧人”二字，未说哪位僧人。观淮安地方志，此僧人为三人：湖心寺住持囗囗、湛真寺住持益轮和大悲寺住持范宏。这三个寺院都得到御书匾额，但都被康熙改了名字。其中大悲寺即改为闻思寺，直至如今。这里仅说“近侍李望”到寺内“观看”，大约龙舟就停在河中，李望上岸进寺看了一下，上船“复命”后，康熙传话叫寺内人到“河口侍候给匾”。有人说，康熙皇帝曾“参拜此寺”，甚至有几位皇帝也去过，吾未之闻也，不敢妄言。寺院得到皇帝的赐额是一件非常荣耀的事情。范宏曾有《谢恩诗》，见《乾隆府志》卷22“人物”。诗云：“野衲承恩对大廷，鸾笺捧出灿瑶星。纶音勅赐闻思寺，宫锦包函般若经。一瓣好香酬圣德，千秋隆遇感仙灵。唐虞至泽深如海，永镇长淮万古宁。”
乾隆三十年（1765）时的住持叫聚用。范以煦《淮壖小记•淮郡方外》云：“释眼文，字聚用，住闻思寺。”李元庚《梓里待徵录》说他“功行颇深，声望益重，各大府咸仰之。”聚用曾有一句名言：
徒以酒肉养亲，而无济人利物之实，以光其亲者，非孝也；
徒以诗书教子，而无积功累德之实，以庇其子者，非慈也。
闻思寺以戒律森严为特色，聚用曾募建戒台一所，还修建了祖堂大殿、中殿，极为宏敞；并置寺田数十顷。闻思寺的大门原来朝南开的，聚用以后，有风水先生说，门不宜南开，便改在古枚里旁开门朝东。门旁有斋僧馆，但很不顺向。传了十几位住持，到了体明的时候，大门仍东向。世人有传谣云：“要想大门朝南开，还等聚用来。”
曹镳《淮城信今录》卷4“列传下•方外传”有聚用的传：聚用是浙江兰溪人，姓宋。自幼出家，展转来到淮安，在闻思寺注公座下得戒，注公即将衣钵传给了他。在戒行圆融具足之初，他随侍冶牧老师朝南海，历天台、五台诸大名山，悉心参叩，洞然有所得。自后行履，愈苦愈坚。久之，注公命继席方丈，十方寺庙和尚争投礼而尊敬之。江淮间贤士大夫，亦多奉其法教。他接待僧俗人等，一以真诚，无所掩饰。凡登座说法，演扬佛典，以及讲说以前高僧公案，惟依本分阐发，不著一字附会。一种平坦胸次，随处都成道气。淮关监督高恒，虔心皈依，布施动辄数千金，闻思寺因以大盛。所统僧百余众，但持“不偏”二字。有人馈赠饴饵，必投放到菜羹锅內，让僧众都能吃到。刨菜地，担柴挑水等体力劳动，他必亲自参加，以为众僧先。数十年都结跏趺坐不睡觉，或默默念佛。乾隆三十八年（1773）圆寂，垂鼻柱而坐化。圆寂前三个月始生病，他对侍候他的人说：“我将在腊月二十六日卯时与你们分別了。”届时果如其言。
闻思寺大门后来又恢复为南向，那是虎将总兵陈国瑞办成的。这里先介绍一下陈国瑞。《咸同将相琐闻•黄开榜陈国瑞合纪》与《梵天庐丛录》卷6云：陈国瑞13岁时为太平军所获，相从战阵，便有勇名。湖北有个叫黄开榜的人，素行无赖，不齿于乡里。后闻皖营募勇，遂往投军。累积战功升为参将。在克复临淮关时，俘虏得一姓陈的少年。黄见其状貌奇伟，收为义子，命名国瑞，字庆云，易姓黄。黄国瑞随黄屡立战功，升为副将，晋升总兵。同治元年（1862）正月，捻军进攻淮安地区，漕运总督吴棠向袁甲三借将帮办军务，袁甲三派时年26岁的黄国瑞归吴棠指挥。黄国瑞战于车桥、版闸，超擢副将，加总兵衔。三月，再战于桃源、清河、山阳、宝应等地，又交军机处记名以总兵简放。他于淮安安全保障功劳很大，淮安人很感激他。漕运总督吴棠倚陈国瑞为长城，如奉骄子，一切顺其所为。陈国瑞军队增至二三千人，主要驻于闻思寺内。
同治二年（1863）八月，奉僧格林泌之命进剿山东白莲教，三昼夜扫荡长城（在郯城境内）七十墟，于是威震海内。僧格林泌代为奏请，归宗复姓陈。四年五月，因僧林沁战死，诸将被斥，七月陈国瑞亦被撤去帮办军务，褫黄马褂，暂留处州镇总兵职戴罪立功，养病淮安。陈国瑞“督兵严而好杀，罚罪不顾亲朋，不好妇女，喜与僧人交。尝言功成名立之余，退隐名山古寺，为方外游，终其天年，于愿足矣。”给湖广总督谭廷襄《荐段得胜书》中，曾自称“有发僧天元道人”。河下画家陶兆荪曾经於同治三年（1864）绘制《五友图》，其中“指挥如意，吴漕帅也；爱士嗜书，陈军门也。……”这“吴漕帅”指漕运总督吴棠，“陈军门”指帮办军务陈国瑞。
《梓里待征录》云：捻军窜扰河下，黄庆云（即陈国瑞）军门奉檄堵剿，就驻扎在闻思寺。他了解到大门门向问题以后，即发愿开南向大门，并建群房。汪继先补充说：陈国瑞将闻思寺变成兵营，“於方丈中饮酒食肉其常也，客堂变为秣马之场，无足异也。寺中亦无挂单，而过堂上殿，更无庸也。”看来和尚遇到兵，也是有理说不清。《梓里待征录》复云：陈国瑞剿灭山东白莲教后，擢处州镇总兵，复来河下，仍驻闻思寺。陈国瑞此时“出赀并募积得钱二千余文，重开南向大门。又添建客厅五间，殿宇各处重修，焕然一新。”汪继先补充说，这二千余文不是他个人出的，而是“檄府县幕、绅、商缘，得金二千余文。”
陈国瑞还做了一件事情：为闻思寺引进了一个住持。这个住持叫莲谷，是寿州报恩寺的和尚。莲谷名印灿，字西华，莲谷是其别号。莲谷善诗，曾撰一联自况。联云：
我佛有前因，欲悟三生无量佛；
山人知后果，相逢一笑再来人。
细揣其意，莲谷隐然以聚用自期，你们不是说要等聚用来吗，聚用死了不能来了，我来了。这年冬天，放成就戒，来受戒者有数百人，陈国瑞亲自前来拈香。
陈国瑞为人“惟燥急，与人论事不合，当面斥之，酒后使气。” 慈恩寺放戒后未过几天，他“统亲兵百人”去攻打漕运总督吴棠的帅署。据薛福成《庸庵笔记•总兵陈国瑞骄暴取戾》，事情是这样的：陈国瑞有个养子陈士明，原是太平天国天长守将，投降清朝，献出天长，认陈国瑞为义父，改名叫陈振邦，因战功也当上了总兵。一天，不知为何事陈国瑞说陈振邦是“反父之子”，要杀死陈振邦，陈振邦便躲到吴棠署中。夜二更，陈国瑞亲率亲兵数百驰赴帅署抓人。吴棠紧闭大门，陈国瑞督兵力攻久之，破大门、二门，直逼宅门，猛攻不克。署中人大骂，陈国瑞益怒不可忍，“自以头触门，痰涌气厥，颓然仆地。”吴棠开门，令数人将陈国瑞抬回寺中，派员看管。并参劾陈国瑞“疯癫乱法”，而檄别将代统其军。陈国瑞即被罢职，押回湖北了，时为同治四年（1865）。六年春因荐复出，后因与李世忠互相攻讦，光绪二年三月，被遣戍黑龙江。他名其居住地为虎溪，自号为虎溪钓客。光绪八年（1882）有诏释归，仍用为总兵，但已於本年死于那里，终年46岁。九年十二月，许其归葬，并追复其总兵世职。《清史稿》列传卷215有陈国瑞的传，很长。末尾“论曰”：“陈国瑞勇足冠军，剽悍不受绳尺，不能以功名终。”
然陈国瑞不完全是武夫，颇具文人的气质。罗惇曧《宾退随笔》说他“枭勇为咸同间之冠”，人生得很漂亮，“秀美若处子”。有人见过他给人的一封信，讲他回湖北后的生活与心态，引用了大量的典故，且“文词郁勃可诵。……书法浑劲腾踔，大似颜鲁公《祭侄文》，洵异才矣。”陈灨一《睇向斋秘录•陈国瑞擅书法》：“陈庆云軍门以武夫擅书法。余于李惺吾阁学处，见其所书对联，笔致雄健，不亚松禅（翁同龢）。更闻其喜作斗方行草之‘龙’字，一气呵成，有神妙莫测之势。得之者，莫不珍为拱璧。”徐嘉《味静斋文存续选》卷2《顾生联镳传》，说他还曾到淮安文人扎堆的地方丽正书院给士子讲课：“时总兵陈国瑞于书院课士，以财招致士人，至者阗溢。”去听讲的人还很多，也可能是名人效应的缘故。有人瞧不起陈国瑞，例如顾联镳就“独不往”。但也有人很当作一回事，例如朱殿芬的优贡履历上，就把陈国瑞列在“受知师”之中，与漕运总督杨殿邦、袁甲三、吴棠，江苏学政青麐、李联琇、孙如瑾等人排在一起。李锺骏《枕经书屋存稿》有诗《陈庆云国瑞軍门借丽正书院课士》亦记其事。
在陈国瑞走了以后不久，莲谷亦回寿州去了。《淮雨丛谈》记载，莲谷“貌古而性朴，无尘俗态。善草书，工吟咏，与淮人间有投赠，然不作逢迎语。”他收录了莲谷近作诗数首。《岁暮》云：“一钵度残年，随缘乐自然。行看流水去，闲抱白云眠。不羡当途势，休谈往日贤。逍遥游物外，别有一重天。”《落花》云：“落花时满地，信步踏残红。莫惜飘零甚，须知色是空。” 次韵》云：“闲云作伴鹤为俦，弹指光阴去不留。林下清风敲竹冷，窗前明月伴梅幽。养成大拙般般巧，学到如愚事事优。道在眼前谁解悟？木鱼声里问来由。”数诗俱有意味可寻。卒年七十余。裴楠《宾楚丛谈》卷3亦有转引。
《淮安河下志》转录《淮城信今录》一条史料，记载闻思寺的另一住持。此人名叫源长，字涵空，俗家是山东郯城一姓张的人家。自幼在安东地藏庵祝发为僧，依师祖朗澈诵经习礼。雍正甲寅（十二年，1734）到京师去，受戒于文海禅师。回南参于闻思寺聚公座下，精持戒律，无间寒暑。聚公知其为法门令器，遂传付以衣钵。城內观音寺狼狈很久，当时亦请聚公为主席，涵空随聚公一同去了那儿。乾隆戊辰（十三年，1748），承聚公即命涵空为此寺住持。涵空辛苦努力，重建地藏大殿，后宗风丕振。有网友说，涵空“继任方丈，重新建造了的地藏大殿，以扩大院寺规模，后又置田若干亩。”好像是闻思寺的事，其实这是观音寺的事。涵空颖慧，工丹青，爱写雪中寒梅，枯枝冷淡，于笔墨中带禅寂之意。
闻思寺内有两件善事值得一提，其一曾有一座惜字炉，是汪星吉等公铸的。《梓里待征录》记载：“汪星吉先生业医，乐善好施。平时虽衣食不敷，於字纸、放生两事，最为关心。乃谋同黄曰堪贤书、廪生许炜、马如骏等，建字纸炉於闻思寺大门过道阶下，面北。”汪星吉汪继先的高祖，汪继先的《河下园亭记补编》中也说到此事：“余幼时至闻思寺，见公铸惜字炉铁榜上，首即先高祖姓字，次黄曰堪、马如骏、□廷桢、夏□□、杨绂来、谷天锡、许炜等募建八人姓字，现尚可考证。”二是瘗骨会。同治山阳县志卷2记载，“瘗骨会在闻思寺内。始于道光二十五年，由好义者募赀经理。”
其实这两者是一件事的两样成果，统称瘗骨惜字会。《淮安河下志》卷3收有淮北监掣同知范志熙，于同治十年九月撰有《闻思寺瘗骨惜字会略》，许炜于光緒元年十月撰有《续置会田记》。现根据此二记和其它史料，可知事情是这样的：发起人是闻思寺住持海忍，他于道光二十五年，邀同廪生许炜募立瘗骨惜字会。经过五年筹备，得钱七百余缗（mín，一千文为一缗）。三分之一用来铸了一座三节铁炉，砌在寺院中殿，时间是道光二十八年十月，炉上有篆额，是周恩来的外祖父万青选所书。三分之二购置了寿字五乡即下关后刁庄豆麦田四十八亩六，岁收租息五十余缗以供经费。同治十三年十二月，又添募丰二上坊田五亩五分多，津贴闻思寺瘗骨、字纸两会，冀垂永久。交付此时的住持幻囗，“世世勤勉，奉行保守弗替。”汪星吉等又筑放生池于新城圆明寺，买鱼到那里放生，又刻《觉世经》板，刷印送人。
吴承恩与沈坤经常在一起玩耍。高岱明女士的长篇小说《残夜疏影》中，记载了他们少年时代的一段故事：
湖嘴大街南头有座闻思寺，前明正德年间，主持是一位德行高深的祗林名宿——悟空法师。一日，镇上两个学童，由白酒巷下学回家，看看天色尚早，正好到庙里玩一会儿。进大殿瞻仰一番，不觉逛到了后面禅堂，转至方丈，见大和尚独持牟尼珠默坐蒲团之上，便上前恭恭敬敬地施了一礼。悟空张目审视了良久，突然沉声喝问：“进一步是死，退一步亦亡，儿曹当如何自处？”沈坤不假思索，脱口而出：“宁可进而死。”老僧一声轻叹。吴承恩略思片刻，遂道：“进是死，退亦亡，小子旁行一步又何妨？”方丈微微颔首，慧眼一闭不再答言……
这个故事说明沈坤的功利心很重，而吴承恩则睿智聪慧，特别潇洒。两种不同的应答，决定了两种不同的人生命运。这段轶事是高女士儿时听河下老中医汪浚川先生讲的，汪又是听清代经学大师丁晏说的，应当是有一定的根据的。
闻思寺解放时已成瓦砾一片，原有建筑基本被拆除，解放后在其旧址上办了淮安腌切厂，西北临中街部分便成为该厂的职工宿舍。2005年，为贯彻落实宗教信仰自由政策，满足当地佛教信教群众的信仰要求，同时配合河下古镇开发和楚州对外开放旅游的需要，经市政府批准恢复，随后由楚州籍旅居香港的著名高僧济平法师主持，募资在原址上复建。2008年9月18日，闻思寺一期复建工程竣工暨佛像开光典礼隆重举行。中国佛教协会副会长明学长老，及省市领导以及海内外200多名佛教界嘉宾和近万名干部群众参加了庆典。现为苏北地区规模较大的一所寺院。闻思寺迎来了一个崭新的时代。